Von 1698 an bis ins 20. Jh hinein publizierten die Franckeschen Stiftungen meist in eigener Druckerei Bücher im Verlag der Buchhandlung des Waisenhauses (vgl. Verlagssignet). Von dieser Verlagsproduktion wurde eine Archivbibliothek angelegt, deren Bestand 4.279 Belegexemplare umfaßt, jedoch nicht vollständig ist. Der Prozentsatz der fehlenden Werke konnte bislang nicht ermittelt werden.

Schwerpunkte des Verlagsprogramms bildeten theologische Werke, Schul- und Studienbücher und wissenschaftliche Literatur von Gelehrten der hallischen Universität, insbesondere der juristischen und medizinischen Fakultät. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts ergänzten Schulausgaben griechischer und lateinischer Klassiker das Verlagsprogramm.

Unter den theologischen Werken überwiegen in der Frühzeit der Verlagsgeschichte die Schriften August Hermann Franckes und seiner pietistisch gesinnten Weggefährten in Halle wie Paul Anton (1661-1730), Joachim Justus Breithaupt (1658-1732), Joachim Lange (1670-1744) oder Johann Anastasius Freylinghausen (1670-1739), der das erste pietistische Gesangbuch (Geist-reicher Gesang, Halle 1704) herausbrachte. Darüber hinaus wurden Klassiker der Theologie wieder aufgelegt, wie z.B. Johann Arndts (1555-1621) „Vier Bücher vom Wahren Christenthum“ (Halle 1704). Schul- und Studienbücher, die zu Franckes Zeiten im Verlag des Waisenhauses erschienen, entwickelten sich zu Klassikern der Schulbuchliteratur, allen voran Joachim Langes 1703 zum ersten Mal erschienene „Lateinische Grammatik“, die bis 1819 60 mal aufgelegt wurde, und Hieronymus Freyers (1675-1747) „Anweisung zur Teutschen Orthographie“ (Halle 1722). Im 19. Jahrhundert wurde das Schulbuchprogramm erfolgreich wiederbelebt. Besonders erwähnenswert sind Hermann Adalbert Daniels (1812-1871) „Leitfaden der Geographie“, ein Schulbuch, das 1850 erstmals erschienen ist und bis 1898 in 1.400.000 Exemplaren abgesetzt wurde, und Theodor Echtermeyers (1805-1844) „Auswahl deutscher Gedichte“, die 1836 in erster Auflage erschienen und bis in das 20. Jahrhundert hinein über 40mal im Verlag der Buchhandlung des Waisenhauses herausgekommen ist.

Zur Zeit wird im Rahmen eines Projektes eine Bibliographie der Verlagsproduktion der Buchhandlung des Waisenhauses erstellt.