Die ersten Spuren der Bibliothek findet man bereits 1698, im Gründungsjahr der durch den pietistischen Pastor und Universitätsprofessor August Hermann Francke (1663-1727) eingerichteten Anstalten. In seiner Darstellung über die Entstehung der Stiftungen "Segensvolle Fußstapfen des noch lebenden und waltenden liebreichen und getreuen Gottes..." (1709) berichtete Francke über Bücherspenden und verband damit die Hoffnung: "... daß mit der Zeit verhoffentlich eine gute Bibliothek daraus werden kan / die denen Studirenden wohl zu statten kommen wird ..." Zunächst war die Bibliothek in erster Linie für "die im Waysen-Haus Studirenden" gedacht, seit 1708 "ward sie ein öffentliches Institut". Allerdings waren für die Belange einer Bibliothek keine Gelder verfügbar, so daß man bis ins 19. Jahrhundert auf die Verlagsproduktion des 1701 gegründeten Waisenhaus-Verlages, die im Austausch damit eingehandelten Bücher und auf Schenkungen und Nachlässe angewiesen war.
Die ersten bedeutenden Erweiterungen erfuhr die Bibliothek 1704/05-1708 durch die Büchersammlungen des Theologen Friedrich Breckling aus Zwolle (1629-1711), des Adjunkten der theologischen Fakultät Johann Friedrich Ruopp (1672-1708) und des Halberstädter Superintendenten Justus Lüders (+1708). 1719 und 1721 gelangten die bedeutenden Sammmlungen des Barons Carl Hildebrand von Canstein (1667-1719), des Begründers der Cansteinschen Bibelanstalt, und des Magisters Andreas Achilles (1656-1721) in die Stiftungen. Auf diese Weise waren bis zum Jahre 1721 18.000 Bde zusammengekommen.
Weil die Räume im Hauptgebäude der Stiftungen nicht mehr ausreichten, entschloß sich Francke 1725 zur Errichtung eines Bibliotheksgebäudes (1726-1728), welches heute der älteste noch existierende Bibliothekszweckbau Deutschlands ist.
Trotz des weiterhin fehlenden Etats wuchs die Bibliothek stetig an, unter anderem durch die Sammlungen des halleschen Juristen Johann Samuel Stryk (1668-1715), des Orientalisten Christian Benedict Michaelis (1680-1764) und des Theologen und Slawisten Heinrich Milde (1676-1739). Im Jahre 1756 schenkte der Inspektor der Waisenhaus-Buchhandlung Jacob Gottfried Bötticher (1692-1762) der Bibliothek seine Bildnissammlung. Sie besteht aus 13.000 Blättern und enthält Kupferstich- und Holzschnittporträts von Gelehrten, weltlichen und geistlichen Würdenträgern und einigen wenigen Damen vornehmlich des 16. - 18. Jhs. 1792 wurde die Bibliothek des Institutum Judaicum et Muhamedicum mit der Bibliothek des Waisenhauses vereinigt, und 1811 kam ein Teil der Bücher aus dem Benediktiner-Kloster Berge bei Magdeburg in die Stiftungen. Eine bedeutende Schenkung des 19. Jhs war die Bibliothek des Geologen und Mineralogen Christian Keferstein (1784-1866) mit 2.041 Bänden.
1834 wurde neben dem umfangreichen Buchbestand der Lateinischen Hauptschule (Latina) auch deren Etat mit in die Bibliothek übernommen. Dadurch war erstmals eine planmäßige Erweiterung des Bestandes möglich, die vornehmlich im Interesse einer modernen Schüler- und Lehrerausbildung vorgenommen wurde. Im 19. Jh kamen in erster Linie Werke der deutschen Literatur und Arbeiten zur Philologie in die Bibliothek. Durch Austausch von Programmen der Stiftungsschulen mit denen anderer hallischer und auswärtiger Bibliotheken und Lehranstalten entstand der Bibliothek eine Sammlung von zahlreichen Schulprogrammen.
Die Leitung der Bibliothek war bis 1948 nur nebenamtlich. Im 18. Jh war es vor allem der Theologe Johann Heinrich Callenberg (1694-1760), der sich um die Betreuung der Büchersammlung verdient gemacht hat. Von seinen Nachfolgern seien hier nur Georg Alexander Weiske (1824-1900) und dessen Sohn Karl Weiske (1863-1944) genannt. Sie erstellten jeweils einen mehrere Foliobände umfassenden Autoren- und einen Sachtitelkatalog. Die vor Kriegsende in ehemalige Salzberg- werksstollen bei Bösenburg ausgelagerten Bestände wurden ohne nennenswerte Verluste in den ersten Nachkriegsjahren zurückgebracht. Aufgrund einer Verordnung der Provinzialverwaltung von 1946 wurden die Franckeschen Stiftungen in die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg eingegliedert. Zugleich wurde die Bibliothek der pädagogischen Fakultät zugeordnet und 1952 der Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt unterstellt. Bis dahin noch selbständig in den Stiftungen existierende Sondersammlungen wie die Bibliothek der Ostindischen Missionsanstalt, die Archivbibliothek des Waisenhaus-Verlages, die Lehrerbibliothek und die Cansteinsche Bibelsammlung wurden der Bibliothek zugeordnet. 1955 übernahm Jürgen Storz (1927-2002) die Leitung der Bibiothek und des Archivs der Franckeschen Stiftungen. Unterstützt wurde er durch die Bibliothekarin Eva Mühl (1914 - 1996), die bereits seit 1945 die Büchersammlungen betreute. Aufgrund fehlender finanzieller Mittel konnte der Bestand bis 1992 kaum erweitert werden.
Eine sichtbare Förderung der dreihundertjährigen Bibliothek erfolgte mit der Wiederherstellung der Franckeschen Stiftungen als Rechtspersönlichkeit Ende November 1991 und dem Inkrafttreten der neuen Satzung zum 1. April 1992. Die Bibliothek ist heute wieder Teil der Franckeschen Stiftungen. Gegenwärtig wird mit Unterstützung der Deutschen Forschungsgemeinschaft eine Handbibliothek mit Forschungsliteratur zum Altbestand aufgebaut. Darüber hinaus wird eine Altbestandsergänzung angestrebt; so erwarb die Bibliothek eine Sammlung von Gesangbüchern. Desweiteren wird in der Bibliothek die Büchersammlung des Theologen Friedrich August Tholuck (1799-1877) als Dauerleihgabe des Tholuck-Konvikts aufbewahrt. Das Katalogsystem wurde um einen Druckort- und einen Sprachenkatalog zum Altbestand erweitert. Seit 1997 katalogisiert die Bibliothek ihre Bestände in den überregionalen Gemeinsamen Bibliotheksverbund (GBV). Mittlerweile ist die Literatur ab Erscheinungsjahr 1930 vollständig im Online-Katalog erfaßt, und es wurde mit der Retrokonversion des Altbestandes begonnen.
August Hermann Francke entschloß sich zur Errichtung eines Bibliotheksgebäudes (1726-1728), nachdem durch Stiftungen, Schenkungen und Nachlässe 18.000 Bände zusammengekommen waren. Dieses Gebäude ist heute der älteste erhaltene profane Bibliothekszweckbau in Deutschland.
Hier fanden die Sammlungen in theaterkulissenartig in den Raum gestellten Regalen (barockes Kulissenmagazin) ihren Platz. Die Raumgestaltung wurde im 19. und 20. Jahrhundert durch Einbauten - Kamine, Außentreppe, Waschbecken - und Regalaufbauten grundlegend verändert.
Das historische Bibliotheksgebäude ist von 1996 bis 1998 restauriert worden. Im Kulissenmagazin wurden die Einbauten - Kamine, Außentreppe, Waschbecken - und die Regalaufbauten des 19. und 20. Jh entfernt, so daß der originale Raum aus dem 18. Jh wieder zum Vorschein gekommen ist, wie er auf dem Exlibris der Bibliothek aus der Mitte des 18. Jh dargestellt ist.
Im Erdgeschoß des restaurierten Bibliotheksgebäudes
befinden sich der Lesesaal zur Benutzung der Bestände der Bibliothek
und des Archivs der Franckeschen Stiftungen und die seit 1992 im Aufbau
befindliche moderne Forschungsbibliothek. In dem durch einen Glasanbau
zu erreichenden Nachbargebäude sind die Kataloge und eine Cafeteria
für die Benutzer, Bibliotheks- und Archivverwaltung sowie die Magazine
der Sondersammlungen untergebracht.