Die interdisziplinäre Erforschung der Geschichte der Franckeschen Stiftungen vom 17. bis zum 20. Jahrhundert, mit einem Schwerpunkt auf dem langen 18. Jahrhundert, ist Teil des Stiftungsauftrages sowie des Selbstverständnisses der Stiftungen als forschende und vermittelnde Kultureinrichtung. Die thematisch vielfältigen Projekte sind eingebettet in eine Kooperationsstruktur innerhalb der Stiftungen, wie beispielsweise bei der Festjahresausstellung 2013 „Die Welt verändern“ und deren Begleitkatalog, erschienen im Verlag der Franckeschen Stiftungen, mit den Forschungszentren der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg auf dem „Wissenschaftscampus Franckesche Stiftungen“ sowie einem Netzwerk nationaler und internationaler Partner.

Die Stabsstelle wirkt mit bei konzeptionellen Planungen der Stiftungen, bei der Entwicklung von Ausstellungsprojekten und organisiert wissenschaftliche Tagungen und Workshops. Ein besonderes Augenmerk gilt der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses und dem Dr. Liselotte Kirchner-Stipendienprogramm der Franckeschen Stiftungen.