Die Vielgestaltigkeit der Stiftungsschulen des 18. Jahrhunderts spiegelt sich heute auch in der Sekundarschule wieder, die verschiedene Bildungsgänge und Abschlüsse ermöglicht. So kann nach der 9. Klasse der Hauptschulabschluss und nach Klasse 10 der Realschulabschluss erworben werden. Am Ende der Klasse 6 und 8 und mit dem erweiterten Realschulabschluss nach Klasse 10 können die Schülerinnen und Schüler an ein Gymnasium wechseln. Darüber hinaus gewährleistet die Sekundarschule „August Hermann Francke“ eine integrative Beschulung für derzeit 26 Kinder und Jugendliche. Klassen der Abendschule des zweiten Bildungsweges sind ihr ebenfalls angegliedert.

Eine aktive Teilhabe am gesellschaftlichen Leben steht an der Sekundarschule im Mittelpunkt der schulischen Ausbildung. Die Erlangung der Ausbildungsreife und eine intensive Berufsvorbereitung sind entscheidende Schlüssel dafür. Verschiedene Projekte zur beruflichen Frühorientierung wie das Projekt BRAFO der Klassenstufe 7, Orientierungspraktika der Klassenstufe 8 – in Verbindung mit der IHK Halle-Dessau – und das Betriebspraktikum der Klasse 9 helfen dabei, eigene Vorstellungen und Fähigkeiten mit späteren beruflichen Anforderungen zu vergleichen.

Mehrtägige Wanderfahrten, ein Ski-Kompaktkurs sowie viele andere Aktivitäten, aber auch Trainingsmaßnahmen wie Streitschlichtung oder Teamfindungsprojekte in den Klassen bieten den Kindern und Jugendlichen die Möglichkeit, sich Wege für ein gelingendes Miteinander zu erschließen. Das an der Schule praktizierte „Peer counseling“ unterstützt die Schülerinnen und Schüler, ihr eigenes Verhalten zu reflektieren und mehr Selbstkompetenz zu erwerben.